大历初年（766），百丈禅师听说马祖道一禅师在南康（今属江西）竖立法幢，师遂前往投其座下，后得到马祖道一的印可。百丈禅师与西堂智藏、南泉普愿同入祖室，各有擅长，时称马祖门下“三大士”。后出主新吴（今属江西奉新）百丈山，自立禅院，制订清规，率众修持，实行僧团之农禅生活。倡导“一日不作，一日不食”农禅理念。
唐朝中叶即唐德宗建中元年（780年）后，封建政权采取“取消对寺院和僧尼个人田产免税规定”等诸多不利措施，僧侣被迫面临如何生存的严峻形势。怀海参照大小乘戒律，制定新的修行生活仪轨《禅门规式》（即《百丈清规》）以保证禅宗的繁盛和发展。
元和九年（814），百丈禅师入寂，世寿九十五。敕谥“大智禅师”，塔号“大宝胜轮”。座下以黄檗希运、沩山灵佑居首。师所订清规，世称“百丈清规”，为禅宗史上划时代之功绩，对中国禅宗史乃至佛教史影响极为深远。
百丈禅师还著有《丛林要则二十条》，在这二十条规则中，百丈禅师全面论述了丛林建设、学习修行、待人接物、看待世事等各方面的内容：
丛林以无事为兴盛，修行以念佛为稳当。
精进以持戒为第一，疾病以减食为汤药。
烦恼以忍辱为菩提，是非以不辩为解脱。
留众以老成为真情，执事以尽心为有功。
语言以减少为直截，长幼以慈和为进德。
学问以勤习为入门，因果以明白为无过。
老死以无常为警策，佛事以精严为切实。
待客以至诚为供养，山门以耆旧为庄严。
凡事以预立为不劳，处众以谦恭为有礼。
遇险以不乱为定力，济物以慈悲为根本。
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